원래 줄기세포 지침은 기초연구를 위한 인간배아줄기세포의 수립과 사용만을 규율하고 있었으며, 더불어 임상연구에 관해서는 별도의 기준이 마련되기 전까지는 금지하고 있었다. 그러나 개정 줄기세포 지침은 기초연구를 위한 인간배아줄기세포의 수립과 사용에 대해 분양의 메커니즘을 추가로 규율하고 있으며, 또한 임상연구에 관해서는 이미 2006년부터 “인간 줄기세포를 이용하는 임상연구에 관한 지침”이 제정ㆍ시행되고 있었기 때문에 이제 줄기세포에 관한 기초연구 및 임상연구를 규율하는 포괄적인 지침 체계가 정비되었다고 볼 수 있다.

개정 줄기세포 지침에 따르면 줄기세포를 수립한 기관은 이를 사용하는 기관에 직접 분양할 수도 있지만, 그러한 분양 업무를 담당하는 별도의 기관에 이를 기탁ㆍ양도함으로써 분양이 이루어지도록 할 수도 있다. 개정 지침은 줄기세포의 국내외적 분양 절차를 예정하고 있으며, 분양 업무를 담당하는 기관이 되기 위해서 갖추어야 할 요건 및 그러한 기관이 되기 위한 구체적 설치계획에 관한 요건들도 새로이 규정하고 있다. 세부적으로는 줄기세포의 국내외적 분양 과정에 대하여 문부과학대신이 통제할 수 있도록 하고, 분양기관의 설치 및 업무 중지 혹은 종료의 경우에도 각각 (설치심사위원회의 심사를 거쳐) 문부과학대신의 확인을 얻거나, 문부과학대신에게 신고하여 업무 중지 혹은 종료를 공시토록 하는 등의 통제 장치를 마련하고 있다. 또한 이와 같은 통제 과정 중에서 문부과학대신은 반드시 과학기술학술심의회의 생명윤리안전부회의 의견을 구해야 한다는 점도 명확히 하고 있다.

개정 지침은 문부과학대신의 통제를 받아야 하는 모든 계획들의 경우 그 변경에 관해서도 동일한 통제 절차를 거쳐야 함을 분명히 하고 있을 뿐 아니라, 사용기관에 의하여 계획된 용도로 사용 완료된 잔여 줄기세포의 폐기 또는 반환, 해외사용기관에 대한 분양의 경우 다른 기관에 대한 재분양 또는 양도 금지 등을 규정함으로써 연구용 줄기세포의 이력을 철저히 관리할 수 있도록 하고 있다. 이는 결국 줄기세포 은행의 설립ㆍ운용과 유사한 관리상의 효과를 제공하게 되는 것이라 생각된다.