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게재 일자 : 2018-02-13 
키워드 : 바이오뱅크, 가상 바이오뱅크, 비영리 온라인 바이오뱅크, 2D 혹은 3D 이미지 

□ 가상 암(세포)가 연구자들을 돕다 [213]

 

비영리 온라인 바이오뱅크(A not profit online biobank)는 암 연구에 세포수준의 세부사항을 제공합니다.

 

Geetanjali Rangnekar

 

세계 최초로 호주 뉴 사우스 웨일즈의 뉴캐슬 대학(University of Newcastle)과 헌터 의학 연구소(Hunter Medical Research Institute)의 과학자 3명이 전례 없이 세부적인 인간 암 조직의 3D 이미지를 포함하는 온라인 저장소를 만들었습니다.

 

가상 바이오뱅크 (Virtual Biobank)’라 불리는 이 플랫폼의 데이터는 각 종양을 세포 수준으로 맵핑한 이미지에 신속하게 접근 할 수 있게 하며, 환자의 익명성을 유지하면서 환자별 임상 세부사항을 제공합니다.

 

이것은 연구자, 교육자 및 암에 관심이 있거나 영향을 받는 모든 사람들에게 새로운 가능성을 열어줍니다. 이 프로젝트는 비영리이며 운영을 위해 기부를 의존합니다.

 

Jamie Flynn, Antony Martin William Palmer, 헌터 암 바이오뱅크(Hunter Cancer Biobank)와 공동으로, 환자로부터 얻은 20개 유방암 샘플의 고해상도 2D 3D 이미지를 작성했습니다.

 

최근에, 종양 샘플을 조사하고자 할 때는 바이오뱅크(physical biobanks)에서 이를 분양받을 수 있습니다. 그러나 이 과정은 오랜 시간을 요하는 윤리 검토(ethics applications), 긴 대기 시간 및 높은 비용 등의 장애물로 가득합니다. 샘플을 얻은 후에는 단일 실험에만 사용할 수 있습니다. 이것은 만족스럽지 않은 것으로 알려졌다, 특히 샘플이 출처를 찾기 힘든, 희귀한 종양의 경우에 그러하다.

 

가상 바이오뱅크는 이러한 장애물을 극복하고 본 프로그램에 내장된 특수 소프트웨어 덕분에 멋진 기능을 제공합니다. 개발자인 Bill Pascoe와 대학의 Academic Research Computing Support팀이 협력하여, 과학자들은 조직 추적자(Tissue Tracker)’를 만들었습니다. 이 기능은 다른 과학자들이 시스템에 들어가는 모든 새로운 조직의 정확한 기록을 유지하면서 자신의 샘플을 기록할 수 있게 합니다. 손으로 쓴 임상 또는 연구 노트를 해독해야 할 필요성도 없게 해줍니다.

 

또한, ‘Terastitcher Pipeline 기능도 있는데, 이는 외부 연구자들이 연구 중에 수집한 조직 표본으로부터 full 3D 이미지를 만들 수 있게 합니다.

 

이 기능은 Flynn, Martin Palmer가 설계하고 제작한 맞춤형 레이저 현미경(a custom-made laser microscope)에 의존하고 있습니다, 이는 'see through', 매끄러운 3D 이미지를 생성하기 위해 서로 다른 섞이지 않는 이미지들을 결합하는 효과적인 방법을 제공합니다.

 

Flynn, Martin Palmer는 현재 플랫폼에서 암 조직 이미지의 수를 늘리는 것을 목표로 하며 가상현실 애플리케이션에 데이터를 적용하는 방법을 모색 중입니다.

 

기사 및 사진: https://cosmosmagazine.com/biology/virtual-cancers-aid-researchers

The Virtual Biobank: https://virtualbiobank.newcastle.edu.au/

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